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一、v587里面的5ighting是什么意思啊

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二、单细胞文献5-通过单细胞测序对处于恢复期的COVID-19患者进行免疫细胞分 ...

https://www.nature.com/articles/s41421-020-0168-9

影响因子: 6.255PMID: 32377375 期刊年卷:Cell Discov 2020;6 生物二区 细胞生物学 Q2 60/190
DOI: 10.1038/s41421-020-0168-9

使用单细胞测序,作者分析了血液中免疫种群的繁琐性,并分析了10位患者的70,858个细胞。作者确定了ERS患者的高炎症反应,这可以解释为什么某些患者出院后生病,并建议应重新评估当前的出院标准。此外,作者鉴定了髓样,NK,T和B细胞的独特标志,并指出了TCR和BCR表位的变化。作者的发现有助于阐明抗病毒免疫机制,并揭示了使用疫苗和中和抗体开发免疫疗法的有希望的机会。

用于了解SARS-COV-2清除后的免疫细胞组成(来自PBMC)

回顾性了解免疫细胞反应并告知可能的疫苗设计/药物靶标

用于识别康复患者的免疫特征

作者将患者区分为早期康复阶段(n = 5,ERS,自从对COVID19呈阴性以来<7天)和晚期康复阶段(n = 5,LRS,

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> 14天),并将这些患者与健康对照组进行比较(n = 5)

PBMC的单细胞RNA测序

scBCR-seq和scTCR-seq评估扩增的B细胞和T细胞克隆的克隆性

计算方法没有得到很好的描述,因此某些数字并未直接突出显示得出的结论

使用的某些工具不是标准的工作流程工具,因此需要在方法中进行进一步说明

优点:

缺点:

由SARS-CoV-2引起的COVID-19最近影响了1,200,000多人,造成60,000多人丧生。关键的免疫细胞亚群发生变化,其在COVID-19过程中的状态仍不清楚。作者试图通过单细胞RNA测序技术全面表征COVID-19恢复期外周血单个核细胞的转录变化。发现在COVID-19的早期恢复期(ERS)中,患者的T细胞显著减少,而单核细胞增加。具有较高炎症基因表达的经典CD14 ++单核细胞比例增加,并且ERS中CD14 ++ IL1β +单核细胞的丰度更高。CD4 + T细胞和CD8 + T细胞显著减少,并在ERS中表达高水平的炎症基因。在B细胞中,浆细胞显著增加,而幼稚B细胞减少。确定了几个新的B细胞受体(BCR)的变化,例如IGHV3-23和IGHV3-7,并确认了以前用于病毒疫苗开发的同种型(IGHV3-15,IGHV3-30和IGKV3-11)。最强的配对频率IGHV3-23-IGHJ4表示与SARS-CoV-2特异性相关的单克隆状态,尚未有报道。此外,综合分析预测,IL-1β和M-CSF可能是炎性风暴的新型候选靶基因,而TNFSF13,IL-18,IL-2和IL-4可能对COVID-19患者的康复有益。作者的研究提供了ERS中炎症性免疫信号的第一个证据,提示出院后COVID-19患者仍然易受伤害。新的BCR信号转导的鉴定可能导致开发用于治疗COVID-19的疫苗和抗体。

为了绘制COVID-19患者的免疫微环境图,作者鉴定了血液中的镜像变化,并查明了与疾病严重程度和恢复相关的细胞特异性变化。然后,作者从 早期恢复阶段(ERS)或晚期恢复阶段(LRS)(70,858 PBMC)的总共10例COVID-19患者中整合了scRNA-seq,单细胞配对BCR和单细胞配对TCR分析。作者还从五个健康供体作为对照收集了scRNA-seq数据(57,238个细胞)(图 1a ** 和补充图 S1a–c )。**该数据集通过了严厉的高质量过滤。使用10x Genomics将scRNA-seq样品的单细胞悬液转化为条形码的scRNA-seq库。Cell Ranger软件(版本3.1.0)用于测序数据的初始处理。

图1:COVID-19患者单免疫细胞谱分析的研究设计和分析

作者使用t分布随机邻居嵌入(t-SNE),根据典型谱系标记物和在每个簇中上调的其他基因的表达,分析了三种免疫细胞谱系,髓样,NK,T和B细胞的分布(图 1b,c )。对于标记基因,位于t-SNE中的每个细胞中的表达值如图 1d 所示。接下来,作者分别将每个谱系的细胞聚类,并鉴定出总共20个免疫细胞簇。

从COVID-19感染中恢复过来的患者的免疫细胞区包括所有主要的免疫谱系。作者分析了通过质量控制的128,096个scRNA-seq概况,包括来自五个HC,五个ERS和五个LRS患者的36,442个髓样细胞,64,247个NK和T细胞以及10,177个B细胞。补充图 S2a中 显示了每个主题的大概聚类分析景观,图 2a中 显示了每个组的合并图像。作者发现,与HCs相比,包括ERS和LRS在内的COVID-19患者的髓样细胞比例更高,但NK和T细胞比例更低(图 2b,c )。有趣的是,与ERS患者相比,LRS患者的B细胞,NK和T细胞更多,但髓样细胞却更少(图 2b,c )。因此,这些发现表明COVID-19患者外周血中淋巴细胞计数降低,而髓样细胞计数升高。

为了进一步了解COVID-19恢复早期和晚期患者中单核细胞的变化,作者进行了基因表达分析,并使用统一流形近似和投影(UMAP)将髓样细胞亚群化为六个转录不同的亚群。

经典CD14 ++单核细胞(M1),
非经典CD16 ++(FCGR3A)CD14- / +单核细胞(M2),
中间CD14 ++CD16 +单核细胞(M3),
CD1C + cDC2(M4),
CLEC9A + cDC1(M5 )和
pDC(CLEC4C +CD123 +)(M6)

存在于六个不同的簇中(图 3a,b )。作者发现在HCs和COVID-19患者之间,单核细胞亚群的区室显著不同(图 3c )。在髓样细胞中,ERS患者中经典CD14 ++单核细胞(M1)的比例高于HCs,而LRS患者中则几乎是正常的(图 3c )。

图3:恢复期COVID-19患者血液中的髓样细胞亚群及其状态

作者发现,COVID-19患者的CD14 ++ IL1β +单核细胞和IFN激活的单核细胞比HCs富集(图 3d–f )。与CD14 ++炎性单核细胞(M1)相关的基因具有高表达水平的炎性基因,例如 IL1β,JUN,FOS,JUNB 和 KLF6 。趋化因子 CCL4,CXCR4 ; 以及干扰素刺激的基因 IFRD1,IRF1 和 IFI6 。相比之下,与HCs中的CD14 ++单核细胞(M1)相关的抗炎基因在COVID-19患者中被下调(图 3d,e )。值得注意的是,UMAP中的IL1β表达值同时具有对比,表明ERS组中IL1β上调,而LRS患者中IL1β下降(图 3f )。与HCs相比,ERS组的DC集群中也证实了这一点(补充

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